O Fritz da ChessBase (qualquer versão com menos de 10 anos ou mais) aceitará qualquer mecanismo de xadrez compatível com UCI, incluindo Stockfish. Você deve conseguir encontrar uma cópia usada por cerca de US $ 15-20, no máximo. Você não precisa se preocupar com a versão, porque a funcionalidade de anotar os jogos já existe há muito tempo, o fator decisivo na análise é o motor, que você vai substituir de qualquer maneira.
Fritz pode processar arquivos PGN, mas acho mais útil converter o banco de dados de jogos para o formato do ChessBase (.cbh, etc.), para que as perguntas de treinamento e os glifos mais exóticos que são gerados por Fritz a partir da saída do mecanismo possam ser armazenados. Não testei o impacto do formato do arquivo na velocidade de processamento, mas espero que seja mínimo, contanto que o banco de dados de jogos a ser processado tenha 1 MM de jogos ou menos.
Quanto velocidade, depende muito das configurações de CPU e memória. Eu uso uma hashtable de 1024 MB, embora você possa ir até 2048 MB. Eu também uso um processador AMD Athlon quad core rodando a cerca de 2,9 GHz e configuro o mecanismo para usar 4 threads. A velocidade aumenta bastante linearmente com cada núcleo adicional, então se você tiver 8, você quase o dobrará.
Eu uso o Stockfish 7 e defino os parâmetros do motor para uma profundidade de 22 ou 23 camadas, com tempo ilimitado. Descobri que a proporção de jogos em que uma análise mais profunda faz diferença para a melhor seleção de movimento é muito pequena (bem abaixo de 5%), e cada camada adicional aumenta o trabalho exponencialmente, portanto, há uma compensação significativa na velocidade para a profundidade adicional de análise. Minha configuração processará cerca de 15 jogos por hora (os jogos têm cerca de 36 movimentos de duração, em média).